Los métodos basados en la captura de conformación cromosómica (3C) revelan la organización cromosómica dentro del núcleo determinando la proximidad física de pares de puntos a lo largo de la cromatina. Conservan las interacciones de la cromatina mediante enlaces cruzados seguidos de fragmentación, ligadura y secuenciación de las regiones que interactúan.
¿Cómo funciona la captura de la conformación cromosómica?
Captura en chip de conformación cromosómica (4C) captura interacciones entre un locus y todos los demás loci genómicos. Implica un segundo paso de ligadura, para crear fragmentos de ADN autocircularizados, que se utilizan para realizar PCR inversa. … En un solo microarreglo, se pueden analizar aproximadamente un millón de interacciones.
¿Qué es la captura de conformación de la cromatina?
La captura de conformación de cromatina (3C) es una técnica importante utilizada para estudiar la estructura de la cromatina, así como la base para varias otras técnicas derivadas. … El protocolo implica el entrecruzamiento con formaldehído de las células, seguido del aislamiento de la cromatina y la digestión con una enzima de restricción.
¿Cómo funciona la secuenciación Hi-C?
El enfoque Hi-C amplía 3C-Seq para mapear contactos de cromatina en todo el genoma, y también se ha aplicado al estudio de interacciones de cromatina in situ. En este método, los complejos de proteína de ADN se entrecruzan con formaldehído. La muestra se fragmenta y el ADN se extrae, liga y digiere con enzimas de restricción.
¿Qué es la técnica Hi-C?
La técnica clásica de Hi-C consiste en la digestión de restricción de un genoma reticulado con formaldehído con enzimas de restricción específicas de secuencia, seguida de relleno y reparación de los extremos digeridos con la incorporación de nucleótidos unidos a biotina. Los extremos reparados se vuelven a ligar.
