Los modelos de homología también se pueden usar para identificar diferencias sutiles entre proteínas relacionadas que no se han resuelto estructuralmente . Por ejemplo, el método se usó para identificar sitios de unión de cationes en la ATPasa Na+/K+ y para proponer hipótesis sobre la afinidad de unión de diferentes ATPasas..
¿Para qué se utilizan los modelos de homología?
El modelado de homología es uno de los métodos computacionales de predicción de estructura que se utiliza para determinar la estructura 3D de la proteína a partir de su secuencia de aminoácidos. Se considera que es el más preciso de los métodos de predicción de estructuras computacionales. Consta de varios pasos que son sencillos y fáciles de aplicar.
¿Qué es el modelado por homología y por qué es necesario?
El modelado de homología obtiene la estructura tridimensional de una proteína objetivo basada en la similitud entre la plantilla y las secuencias objetivo y esta técnica demuestra ser eficiente cuando se trata de estudiar proteínas de membrana que son difíciles de cristalizar como GPCR, ya que proporciona un mayor grado de comprensión de …
¿Cómo se hace un modelo de homología?
hay varios pasos involucrados en el modelo de homología
- selección de plantilla utilizando su secuencia objetivo. Para este propósito, puede realizar una búsqueda BLASTp contra todas las estructuras de proteínas disponibles (PDB). …
- Alineación de plantilla y secuencia objetivo. …
- Calidad de tu modelo. …
- Refinamientode su modelo en consecuencia.
¿Qué hace un buen modelo de homología?
Si definimos un "modelo de homología altamente exitoso" como uno que tiene <=2 Å rmsd de la estructura empírica, entonces la plantilla debe tener >=60% de identidad de secuencia con el objetivo para un éxito tarifa >70%. Incluso con identidades de secuencia altas (60 %-95 %), hasta uno de cada diez modelos de homología tiene un rmsd >5 Å frente a
